Software

Software

Construyo herramientas donde la investigación se encuentra con el código.

IA, bioinformática, audio y productividad científica. Proyectos personales, prototipos y el software del grupo BIO-HPC. Aquí reúno lo que he construido, lo que estoy construyendo y lo que quiero construir.

Trayectoria

De los 8 bits a la supercomputación

Llevo programando casi toda la vida. Empecé de niño en los 8 bits, con un ZX Spectrum (con el que todavía trasteo de vez en cuando). Seguí en los primeros PCs, antes de internet. Instalé mi primera distro de Linux en 1998, una Red Hat. Durante el doctorado me metí de lleno en FORTRAN77 y en el cálculo científico, y desde ahí fui saltando a cada frontera que aparecía: el procesador Cell (PlayStation 3), las GPUs, los clústeres, los supercomputadores e incluso algo de computación cuántica. Esa curiosidad por exprimir cada máquina nueva sigue siendo la misma.

Qué me gusta hacer

Investigación asistida por IA

Convertir el trabajo con papers en algo más sistemático: síntesis de PDFs, mapas conceptuales, detección de gaps y escritura asistida de manuscritos. No sustituir al investigador, sino ampliar lo que puede revisar, conectar y redactar.

Drug discovery y bioinformática

Docking, cribado virtual, pipelines HPC y análisis estructural. Vengo de los fundamentos: C, C++, FORTRAN77, Linux avanzado, Bash y computación en clúster. Me interesa llevar ideas de laboratorio a herramientas que otros puedan ejecutar.

Audio y podcast

Grabación por segmentos, transcripción, clips y divulgación desde papers. El audio como puente entre la investigación técnica y audiencias más amplias.

Segundo cerebro ejecutable

Obsidian como base de conocimiento procesable por agentes (Cursor, Claude Code). La vault no como archivo muerto, sino como codebase de ideas, protocolos y proyectos.

Proyectos en producción o demo

Explore Labs

Plataforma académica con IA para investigadores: síntesis de PDFs y referencias, mapa conceptual de literatura, revisión de manuscritos, integración con OpenAlex y transcripción para divulgación en audio. En evolución con feedback de usuarios reales.

Ver Explore Labs

SegmentPod

App iOS/macOS para grabar podcasts largos por segmentos, con transcripción y sugerencias de IA. Pensada para entrevistas largas sin perder el hilo. Uso personal y en TestFlight; en desarrollo: preguntas a la vault en vivo y exportar transcripciones.

Ver el vídeo demo

Software del grupo BIO-HPC

Parte del software que desarrollo o coordino pertenece al grupo BIO-HPC (UCAM): una suite de herramientas para drug discovery, simulación molecular y servidores web científicos.

  • MetaScreener: orquestador HPC de cribado virtual a gran escala
  • ASGARD: análisis automático de dinámica molecular (GROMACS)
  • SIBILA: ML interpretable / AutoML
  • TOLEDO: ejecución por lotes de MD Maestro-Desmond
  • STELLAR: docking basado en fragmentos
  • OptiPharm: optimización de similaridad 3D y farmacóforos
  • Servidores web: Achilles (Blind Docking), BRUSELAS, DIA-DB, OBE-DB, AntiAge-DB, ConFiLiS, Vina_vision

Ver el catálogo completo

Laboratorio de ideas

Lo que quiero construir

  • GAP Screener: método y app para detectar gaps científicos en la literatura
  • Cribado virtual en directo: exploración interactiva alrededor de un hit
  • MetaScreener single-command: un comando, config YAML, MCP y dashboard AI-first
  • Metadock / ULTRADOCK: motor de cribado virtual desde cero, full-GPU
  • Libros desde notas: ensamblar manuscritos como código desde la vault
  • Podcast desde paper: de artículo a episodio con pipeline asistido
  • Knowledge OS: RAG local sobre mi base de notas para pensar con LLMs
  • Detector de citas problemáticas: cruza tu bibliografía con Retraction Watch y revistas predatorias

Mi stack

Desarrollo: Cursor + Claude Code (IDE con agentes) · Python · TypeScript/JavaScript · WordPress REST API · GitHub

Fundamentos: C · C++ · FORTRAN77 · Linux avanzado · Bash · HPC · SLURM · Singularity · GPU/CUDA

Ciencia: GROMACS · AutoDock Vina · PyMOL · Maestro/Desmond · RDKit · ChEMBL · OpenAlex

IA y datos: OpenAI (Whisper, GPT) · Claude · MCP · agentes autónomos · scikit-learn · LIME/SHAP

Entorno: Obsidian (Smart Connections, Dataview) · Zotero · macOS/arm64 · iOS

Del código al negocio

Mi lado emprendedor

Tengo una vena emprendedora que va por libre de la ciencia. Me gusta el trayecto completo: coger una idea mía, convertirla en algo que funciona y ver si puede sostenerse como producto o negocio. Es una inquietud personal, y de ahí nacen buena parte de los proyectos de esta página. Busco justo eso en quien colabore conmigo: construir cosas que, además de estar bien hechas, puedan ganarse la vida.

  • SaaS y herramientas para investigadores (de aquí salió Explore Labs)
  • Convertir conocimiento y experiencia en productos digitales (formación, contenidos, info-productos)
  • Automatización y productividad con IA y agentes
  • Audio y podcast como producto

¿Construimos algo juntos?

Si quieres montar un proyecto de software con potencial real y sumar fuerzas (una colaboración técnica, no mentoría 1:1), escríbeme.

Hablemos

Los productos personales (Explore Labs, SegmentPod) son independientes de la mentoría que ofrezco en este sitio y de los servicios del grupo BIO-HPC/UCAM. Esta página recoge mi trabajo técnico; la mentoría tiene su propio espacio.